げっ歯類のため、ウサギ・ハムスター同様に口腔内のトラブルが多く見られます。過長歯・不正咬合などがあります。全ての歯は伸び続けるのでフードに注意しましょう。
モルモットは草食動物のため、牧草の他は専用のフードや生野菜以外のフードは与えないようにしましょう。内科疾患の原因になります。ビタミンCを体内でつくれないため、食事に気を付けサプリメントは必要に応じて与えるようにしましょう。
草食のため糞量が非常に多く、ケージ内環境が整っていないとダニ・シラミなどによる炎症や細菌・カビなどによる皮膚疾患にかかりやすい傾向にあります。駆虫剤と飲み薬などで治療します。
消化器疾患、生殖器疾患、栄養偏りによる内臓疾患などが多く見られます。